Στίς 4 Ἰανουαρίου 1964, σέ ἡλικία 74 ἐτῶν, ὁ ὁσιώτατος πατήρ ἡμῶν Νικηφόρος παρέδωσε τό πνεῦμα του εἰς χεῖρας Κυρίου. Ἐκηδεύθη τήν ἑπομένη ἡμέρα, παραμονή τῶν Θεοφανείων, ἀπό τόν Ἱερό Ναό τῶν Ἁγίων Ἀναργύρων τοῦ νοσοκομείου. Τήν κηδεία παρακολούθησαν πολλοί ἀπ’ τούς ἀσθενεῖς, τούς φίλους καί τούς ἐπισκέπτας του. Ἐνταφιάσθηκε στό παρακείμενο μικρό νεκροταφεῖο τῶν ἀσθενῶν. Ἡ κηδεία του ὑπῆρξε μία μυσταγωγία, πού ἐθύμιζε ἀντίστοιχα φαινόμενα τῆς ἀρχαίας Ἐκκλησίας.
Μετά τήν ἐκταφή, τά ἅγια λείψανά του εὐωδίασαν. Σύμφωνα δέ μέ τήν ἐπιθυμία του, περιῆλθαν στήν κατοχή καί φύλαξη τοῦ πατρός Εὐμενίου, πνευματικοῦ τέκνου τοῦ Παππούλη. Αὐτός τά φύλαγε μέ πολλή εὐλάβεια σ’ ἕνα κιβώτιο μέσα στό δωμάτιό του.
Ἔλεγε ὁ μακαριστός πατήρ Εὐμένιος: «Ἐδῶ τόν ἔχω τόν Παππούλη μου, ἐδῶ τόν ἔχω». Κι ἔβγαζε τό κιβωτιάκι μέ τά ἅγια λείψανά του, τά ὁποῖα εὐωδίαζαν ἀρρήτως, καί τά θυμίαζε πολύ συχνά. Ἔδειχνε μέ τόν τρόπο του αὐτόν τήν μεγάλη εὐλάβεια, τόν βαθύ σεβασμό καί τήν ἀπέραντη ἀγάπη, πού ἔτρεφε πρός τόν πνευματικό του Πατέρα.
Τό βιβλίο «Ὁ ἅγιος Ἄνθιμος τῆς Χίου», ἀναφερόμενο στήν ἁγιότητα τοῦ πατρός Νικηφόρου, γράφει (σελ. 55 κ.ἑ.):
«…Ἀλλά πρίν παραθέσωμε τόν κατάλογο τῶν ἰαθέντων, θεωροῦμεν ἀπαραίτητον νά παρουσιάσωμεν τόν καταλογογράφον [δηλαδή, τόν π. Νικηφόρο], γιά νά ὑπογραμμισθῆ ἡ ἀξιοπιστία του.
Ὅταν ὁ μακάριος αὐτός λεπρός ἐκοιμήθη ἐν Κυρίῳ τό 1964, γιά νά μεταβῆ στούς κόλπους τοῦ Ἀβραάμ, ὡς ἄλλος Λάζαρος, θρησκευτικά περιοδικά ἔγραψαν ἐγκωμιαστικές νεκρολογίες, μία τῶν ὁποίων εἶναι ἡ ἑξῆς:
Ο ΑΓΙΟΣ ΤΩΝ ΛΕΠΡΩΝ Μέσα εἰς τόν Ἀντιλεπρικόν Σταθμόν Ἁγίας Βαρβάρας Ἀθηνῶν, ἐζοῦσεν ἡ ἁγιότης. Καί τήν πρώτην ἑβδομάδα τοῦ νέου ἔτους ἀνεχώρησε διά τήν νέαν ζωήν, τήν αἰωνιότητα.
Μέσα εἰς τό πτωχικώτερον κελλί πέρασε χρόνια καί χρόνια ὁ πατήρ Νικηφόρος Τζανακάκης, ἄγνωστος κατά κόσμον, πασίγνωστος ὅμως εἰς τούς Ἀγγέλους καί τούς Ἁγίους.
Ἕνας πάμπτωχος μοναχός, λεπρός καί τυφλός καί σχεδόν παράλυτος. Καί ὅμως, τά σβησμένα του μάτια ἀστραποβολοῦσαν τήν ὁσιότητα καί ἀπό τά τρεμάμενα χείλη του δέν ἔσβηνε τό οὐράνιον μειδίαμα μέχρι τήν τελευταία του ἀναπνοή….
Ὁ μοναχός Νικηφόρος, πνευματικόν θρέμμα τοῦ εὐλαβοῦς Γέροντος τῆς Χίου Ἀνθίμου Βαγιάνου, ὑπῆρξε μία λαμπρά σελίς διά τήν Ἐκκλησίαν τοῦ Χριστοῦ, παρ᾽ ὅλην τήν ἀπίστευτον ἀφάνειάν του…»